Рудольф Штайнер как руководитель Высшей Школы разделил её на классы и секции. При его жизни были образованы следующие секции:

1. Всеобщая антропософская секция.

2. Педагогическая секция.

3. Медицинская секция.

4. Секция искусств рецитации и музыки.

5. Секция изобразительных искусств.

6. Секция изящных искусств.

7. Математико-астрономическая секция.

8. Естественнонаучная секция.

9. Секция духовных стремлений молодёжи.

Позже были добавлены ещё две секции Высшей Школы:

10. Секция социальной науки.

11. Секция питания и сельского хозяйства.

Во Всеобщей антропософской секции исследуются центральные вопросы Антропософии, а в профессиональных секциях осуществляется духовное познание в профессиональных областях, углубляется жизненная практика.

Можно кратко так охарактеризовать работу секций Свободной высшей школы духовной науки:

1. Всеобщая антропософская секция занимается исследованием антропософских общих антропософских вопросов, к отдельному виду деятельности принадлежит изучение и исследование содержания эзотерических уроков, прочитанных Рудольфом Штайнером для членов Первого класса к данным им для них медитативным изречениям. Проводит лекции, семинары, конференции, издаёт журналы, книги. В рамках различных дисциплин организуются собрания и встречи.

В течение года в Гётеануме проходят четыре общих конференции: на Пасху, Иоаннов день, в День Архангела Михаила и на Рождество. В программу этих конференций входят: лекции, концерты, представления, выставки. Они предназначаются для членов Антропософского общества, за исключением открытой летней конференции.

2. Педагогическая секция занимается изучением и исследованием деятельности вальдорфских детских садов и школ, лечебно-педагогических заведений.

Воспитатели и преподаватели получают соответствующую подготовку в действующих учебных заведениях, педагогических и лечебно-педагогических центрах, семинарах, конференциях, регулярно проходящих в разных странах. В лечебно-педагогических учреждениях квалифицированным персоналом проводится лечебная и воспитательная работа с детьми, имеющими трудности в развитии.

Во многих странах издаются книги и журналы по вопросам педагогики и лечебной педагогики.

3. Медицинская секция занимается изучением и исследованием  в области медицинских наук в центрах, клиниках, лабораториях, фармацевтических учреждениях и фирмах «Веледа» и «Вала».

Специалисты приобретают необходимые знания и навыки на семинарах и конференциях.

Медицинская секция включает в себя лечебно-педагогическое направление: работа по развитию соответствующих учреждений, организация семинаров, конференций.

4. В Секции искусства рецитации, эвритмии и музыки практикуют искусство рецитации как искусства произнесения слова, эвритимию как искусства выразительного движения («видимой речи» и «видимой музыки»), музыку саму по себе, драматическое искусство.

В мире существуют центры, академии, школы, семинары по данным видам антропософски ориентированного искусства.

Эвритмия преподаётся во вальдорфских школах, лечебная эвритмия применяется в клиниках, лечебно-педагогических заведениях, в частной практике.

Рецитация эвритмия, музыка широко представлены в театрально-драматическом искусстве. На сцене Гётеанума проводятся концерты, фестивали, осуществляется постановка Мистериальных драм Рудольфа Штайнера. Занятия перечисленными и другими видами искусства  имеют место всюду. где есть антропософские сообщества.

5. В Секции изобразительных искусств занимаются пластическим искусством, рисованием, живописью, скульптурой, архитектурой.

В Дорнахе и в городах других стран работают различные школы изобразительных искусств, объединения художников, проводятся художественные выставки и ярмарки, издаются альбомы и книги. Во многих странах работают школы и академии органической архитектуры. Специалисты изучают, исследуют, развивают и используют заложенные Рудольфом Штайнером основы при строительстве школ, клиник, концертных залов, театров, церквей, жилых домов.

6. Секция изящных искусств занимается изучением и исследованием разных видов  литературы: прозой, поэзией.

7. Математико-астрономическая секция изучает и исследует математику и астрономию, при Гётеануме есть обсерватория. Проводятся соответствующие семинары и конференции .

8. ЕСТЕСТВЕННОНАУЧНАЯ СЕКЦИЯ ведёт научную работу в области различных видов естественных наук, участвует в работе различных научных центров и лабораторий. Регулярно проводятся семинары и конференции по актуальным вопросам естественных наук.

9. Секция духовных стремлений молодёжи занята жизненными поисками, интересами молодёжи. Группы молодёжи работают над изучением актуальных социальных вопросов, оказывают помощь в духовной, социальной и профессиональной ориентации молодых людей. Проводятся молодёжные конференции и фестивали в Гётеануме и других странах.

10. Секция социальной науки занимается социологическими науками, развивает идеи трёхчленной структуры социального организма, участвует в деятельности центров и групп в разных странах, проводящих широкую исследовательскую работу в сфере социологии, организует семинары и конференции по актуальным вопросам современности.

11. Секция питания и сельского хозяйства ведёт научно-исследовательскую работу в разных странах в центрах биодинамического сельского хозяйства, на фермах с биодинамическими методами ведения сельского хозяйства, направленными на естественное оздоровление земли и на выращивание здоровых продуктов. Во многих странах продукция биодинамического сельского хозяйства известна под знаком «Деметра».

Организуются семинары, издаются книги, журналы. В Германии издаётся календарь, содержащий указания на благоприятные дни каждого года для проведения  различных сельскохозяйственных работ. Он является результатом многолетних исследований влияния  констелляций планет и звёзд на жизнь растений, животных, на производство продуктов и на многое другое.